Уроженец Москвы окончил радиотехнический факультет Томского политехнического института. В 1991-1999 годах был проректором по научной работе ТУСУРа.
Руководил комплексными научно-исследовательскими разработками, входившими в государственные планы и программы, координировал в рамках одного научного направления работы нескольких организаций Госкомвуза, Академии наук, Госкомгидромета, радиопромышленности.
Проведённые под его руководством исследования позволили улучшить тактико-технические характеристики перспективных радиолокационных систем, а также приступить к созданию систем нового поколения, обладающих повышенными показателями по точности, дальности и быстродействию.
Герман Шарыгин ушёл из жизни в Томске в возрасте 83 лет.